El desempeño mostrado por las unidades SS destacadas en la Campaña de Polonia, hace que Hitler de a Himmler en Octubre de 1939 la orden para la conformacion de dos nuevas unidades. Sin embargo y de acuerdo con la constitucion alemana, el Ejercito tiene la prioridad para el reclutamiento y se opone a la creacion de estas dos nuevas unidades, Himmler por su parte decide tomar los hombres para la constitucion de las mismas de las unidades de policia y los guardas de los campos de concentracion que estan bajo su mando. Originalmente clasificada para hacer parte de las Waffen SS, la Totenkopfverbande Theodor Eicke se convierte en realidad en una organizacion separada, muy diferente a las unidades de las Waffen SS. Eicke por su parte odio a los oficiales de la Wehrmacht casi tanto como odia a los judios y los marxistas. En Octubre de 1939, Eicke recibe la orden de comformar la unidad a partir de el Standarten denominado "Cabeza de la Muerte" o Totenkopf , identificada con el simbolo de una calavera sobre fondo negro, unidades adscritas a los campos de Dachau, Mauthausen, Sachsenbausen, Ruchenwald y Frakenberg. 

CAMPAÑA EN POLONIA
La 3º SS Division es conformada despues de la Invasion de Polonia a partir de las unidades Totenkopf que habian tomado parte en la campaña y con otras unidades de Totenkopfverbande y el Allgemeine SS. Algunas partes de la 3º SS Division son constituidas con elementos del SS Heimwehr Danzing originalmente conocido como SS Totenkopf Sturmbann "Goltze" redenominado como "Heimwehr Danzing" y conformado como un batallon. Despues de Polonia, porciones de esta unidad son usadas para la constitucion de la division. La Division es transferida del Campamento de Entrenamiento de Dachau a Wurttenberg y luego a Obermunsingen; entregandole el mando a Theodor Eicke quien habia sido el creador del Totenkopfverbande. El 1 de Noviembre de 1939, la SS Division Totenkopf es constituida oficialmente. La unidad tiene dificultades para acceder al armamento necesario ya que el ejercito ve la unidad como una unidad paramilitar o de policia y finalmente es necesaria una orden directa de Hitler para que se les entrega equipo de artilleria y antitanque.

CAMPAÑA DE FRANCIA
La unidad es asignada al 2º Ejercito bajo el mando del General Max Weichs quien considera que por no estar convenientemente entrenada y equipada debe quedar en la reserva, sin embargo durante los meses de Feberro y Marzo, Eicke ha sometido la division a un intenso entrenamiento y como fuerza mecanizada es asignada al XV Cuerpo Panzer al mando del General Hermann Hoth junto con la 5º y 7º Divisiones Panzer, entrando en batalla el 16 de Mayo de 1940 y en Mayo 19 se encuentra como unidad de ocupacion en el area de Le Cateu y Cambrai. Durante este periodo la unidad se ve envuelta en incidentes relativos a la ejecucion de un grupo de prisioneros Aliados. El comandante de la 4º Compañia, Fritz Knochlein, es hecho responsable y despues de la guerra ajusticiado en la horca, actualmente se cree que su juicio tuvo vicios de procedimiento. 

El 21 de Mayo, cinco brigadas britanicas lanzan un contraataque en el area de Arras, el mismo es encabezado por 74 tanques Matilda, Eicke ordena a sus unidades antitanque abrir fuego a quemaropa pero cierto numero de hombres entra en panico y finalmente los britanicos son obligados a retroceder por un ataque efectuado con Junkers Ju 87 y por el uso que le da Rommel a los cañones de 88mm como arma antitanque. Despues la unidad es enviada a la Costa francesa al sur de Dunkerke, donde participa en operaciones de defensa costera. Despues de Dunquerque las tres unidades SS son asignadas al Panzergruppe de von Kleist, el cual ataca a traves del Aisne, en direccion sur hacia Dijon, con el proposito de aislar las unidades francesas en Alsacia, la unidad termina la campaña en la parte suroeste de Francia en la frontera con España, donde permanece hasta su traslado al este para la Operacion Barbarroja.  

OPERACION BARBARROJA
Eicke aprovecha el tiempo entre las dos campañas para reforzar el poder de fuego de la unidad y convierte los regimientos de infanteria motorizada en unidades Kampfgruppen o Grupos de Batalla, dandoles una gran flexibilidasd e independencia; la parte antiaerea - Flak - es expandida y adquiere cañones de 150mm con el fin de contar con un batallon de artilleria pesada dentro del regimiento de artilleria. 

En Abril de 1941, es transferida al Frente del Este como parte del Grupo de Ejercitos Norte del Mariscal de Campo Wilhelm Ritter von Leeb en el 4º Panzergruppe del General Hermann Hoth con objetivo en Leningrado, el grupo de Hoth cuenta ademas con el XLI Cuerpo Panzer de Reinhardt y el LVI de Manstein. La unidad participa en las acciones en Lituania, Latvia, a traves de la Linea Stalin en Julio, norte de Demyansk; el 12 de Julio, la Totenkopf se mueve a la reserva en el area de Porkhov; el 21 de Julio se reinicia en avance en la zona del Lago Ilmen y la zona de Leningrado donde combate desde Julio 31 hasta Agosto 21 de 1941, siendo utilizada para llenar los huecos entre el despliegue de los Panzer de Hoth y el 17º Ejercito. A principios de Agosto, la Totenkopf avanza hacia la captura de la ciudad de Chudovo en la via ferrea Leningrado-Moscu; en este periodo le es asignada la unidad "Freikorps Danemark"; durante el invierno de 1941/42 los sovieticos lanzan su contraofensiva contra el frente aleman, quedando encerrada la 3º SS en la Bolsa de Demyansk, sufriendo graves perdidas, a causa de lo cual es redenominada como Kamfgruppe Eicke. 

La division se ve envuelta en feroces combates en la bolsa y el SS Hauptscharfuhrer Erwin Meirdress de la bateria de Sturmgeschutz conforma un Kampfgruppe de 120 hombres, manteniendo con el mismo la ciudad de Bjakowo a pesar de los continuos ataques rusos. Durante estos combates, Meierdress destruye varios tanques rusos con su StuG III y recibe la Cruz de Hierro. La division realiza una ruptura en direccion al area del rio Lovat; dejando una porcion de la misma cerca a Demyansk en operaciones defensivas.. Una vez se cierra la bolsa alrededor de Demyansk, el General Graf von Brockdorff-Ahlefeldt toma el mando de las tropas cercadas; el resto de la Totenkopf y unidades del ejercito son organizadas en dos grupos de batalla que son aprovisionados por la Luftwaffe hasta ser finalmente liberados en Abril de 1942

FRANCIA
En Demyansk la unidad pierde el 80% de su componente y es enviada en Octubre del mismo año a Francia para ser reestructurada y reequipada; mientras esta alli participa en la Operacion Anton, la toma de la Francia de Vichy en Noviembre de 1942, para esta operacion a la unidad le es asignado un regimiento Panzer y denominada como 3.SS Division Panzergrenadier Totenkopf. Gracias a los esfuerzos de Himmler y del SS Obergruppenfuhrer Hausser, todas las divisiones Panzergrenadier de las SS reciben un regimiento Panzer completo, quedando habilitadas en realidad como divisiones Panzer. La division permanece en Francia hasta Febrero de 1943 cuando Eicke toma d nuevo el mando de la unidad.

1943
En Febrero, la division es transferida al Este como parte del Grupo de Ejercitos Sur bajo el mando de Erich von Manstein, dentro del SS Panzerkorps del SS Obergruppenfuhrer Paul Hauser, tomando parte en la tercera batalla de Kharkov donde es detenido el avance ruso liderado por el General Konev, es durante estas acciones que el Comandante Theodor Eicke cae en batalla cuando su avion es derribado.. Despues de Jarkov el SS Panzerkorps es enviado a la zona sur de Kursk , para estas acciones la unidad es adicionada con una compañia de tanques Tigre, en el 9º SS Regimiento Panzer y participa en las operaciones tendientes a eliminar el saliente ruso, sin mayores resultados, debiendo retroceder con el resto de unidades alemanas a fin de reestablecer la linea del frente ante la masiva ofensiva sovietica. 

Despues de Kursk, la Totenkopf es reasignada con la Das Reich al reconstruido VI Ejercito bajo el mando del General der Infanterie Karl-Adolf Hollidt, conocido como el Grupo Hollidt. En Octubre de 1943 la division es denominada 3º SS Panzer Division. La unidad se ve envuelta en feroces batallas durante varias semanas cuando el VI Ejercito trata de eliminar la cabeza de puente rusa sobre el Rio Mius; durante las batallas de Julio y Agosto sufre graves perdidas y cuando la cabeza de puente es eliminada ha perdido 1.500 hombres y su regimiento solo cuenta con 20 tanques operacionales. La Totenkopf es transferida a norte, en el area de Kharkov junto con la 2º SS Division Panzer Das Reich, toma parte en las acciones para detener la Operacion Rumyantsev lanzada por los rusos para capturar la ciudad. A pesar de que las dos unidades inflingen graves perdidas a los rusos, destruyendo cerca de 800 tanques, los sovieticos flanquean a los defensores y finalmente se ven obligados a abandonar la ciudad en Agosto 23.

Durante las batallas de Septiembre la unidad es forzada a retirarse detras del rio Dnieper y el 5º Ejercito de Tanques Guardia establece una cabeza de puente en Kremenchug, tratando de forzar el paso a traves de las lineas alemanas. En Octubre la division es reestructurada y reequipada y llevada al nivel de una division Panzer, tomando el nombre de 3.SS Division Panzer Totenkopf; el batallon Panzer se convierte en regimiento y los regimientos Panzergrenadier son denominados "Thule" (5º SS Regimiento Panzergrenadier) y "Theodor Eicke". El regimiento Thule ha sido conformado en 1942 a partir de los remanentes del 9º SS Regimiento de Infanteria Thule, una formacion independiente basada en el Totenkopf Standarte K.

1944
Despues de varios meses de combate en la cabeza de puente de Kremenchug, los sovieticos logran romper el frente y obligan a los alemanes a retirarse hacia la frontera de Rumania. En Enero, la unidad enfrenta cruentos combates defensivos al lado de la Division Grossdeutschland; en Febrero, 56.000 soldados alemanes son rodeados en la Bolsa de Korsun o Cherkassy y la Totenkopf es enviada a realizar una posible maniobra de liberacion del cerco: ataca en direccion a la ciudad de Korsun, tratando de asegurar una via a traves del rio Gniloy-Tilkich, junto con la 1º SS Leibstandarte logran llegar a la ciudad abriendo una via de escape para las tropas cercadas.

OPERACION BRAGATION
En Junio de 1944 los rusos lanzan su Operacion Bragation contra el Grupo de Ejercitos Centro, la cual termina a las puertas de Varsovia, la division entra nuevamente en combate y logra hacer reroceder a los sovieticos a la margen este del rio Vistula; esto se logra contra dos Ejercitos rusos con la colaboracin de la 5º SS Division Wiking y la 19º Division Panzer. 

El 24 de Diciembre las fuerzas sovieticas rodean Budapest y alli quedan atrapadas unidades de la 8.SS Division de Caballeria Florian Geyer, 22.SS Division de Caballeria de Voluntarios Maria Theresia y de la 18º SS Division Panzergrenadier de Voluntarios Horst Wesel. 
La division es enviada en direccion a Budapest con el fin de rescatar las unidades alemanas en la ciudad, junto con la 5º SS Division Wiking; el 1 de Enero de 1945 los alemanes lanzan su ataque en direccion a Budapest, pero el mismo es detenido por la feroz resistencia del 4º Ejercito Guardia y el 6º Ejercito de Tanques Guardia, para el 11 de Enero son obligados a retroceder. El 8 de Enero, Hitler ha ordenado a Sepp Dietrich atacar con el VI SS Ejercito Panzer en direccion a Hungria, mientras tanto se ordena un nuevo ataque del IV SS Cuerpo Panzer contra Budapest el cual se inicia el 18 de Enero, para el 20 los alemanes han sido detenidos.

Un contraataque ruso lanzado el 27 de Enero hace retroceder a las unidades alemanas, tratando las mismas de reestablecer un frente en la zona de los bosques de Bakony al norte del Lago Balaton, en estos densos bosques, la Totenkopf se atrinchera y espera la llegada del VI SS Ejercito Panzer. La ofensiva final se inicia el 6 de Marzo con fuertes nevadas; a pesar de ello las unidades alemanas atacan con su aconstumbrada determinacion, la operacion denominada "Despertar de Primavera" intenta hacer retroceder a los sovieticos de los campos petroliferos del Lago Balaton, y recuperar a Budapest. El 13 de Marzo, la ofensiva ha sido detenida y el 16 de Marzo el Mariscal Tolbukhin con su 3º Frente Ucraniano pasa a la ofensiva. El 9º Ejercito de Tanques Guardia pasa a traves de las posiciones de la Totenkopf y ataca al IV SS Cuerpo Panzer por la retaguardia. Lo que queda de la unidad se retira a traves de la carretera a Bratislava y Viena junto con los sobrevivientes del VI SS Ejercito Panzer. 

El 3 de Abril, la Totenkopf se encuentra en los suburbios al sur de Viena y con el resto de las unidades sobrevivientes de las SS presenta un resistencia simbolica a los dos frentes sovieticos que convergen sobre la ciudad. Mientras tanto, el III Ejercito USA ha logrado llegar a Regensburg, en la retaguardia del Grupo de Ejercitos Sur; el 9 de Mayo de 1945, el Brigadefuhrer Becker trata de rendir a la Totenkopf, los cuales insisten en que la unidad desarme a los guardias del campo de concentracion de Mauthausen, lo cual hacen, los americanos entregan a los soldados alemanes a los sovieticos que los recluyen en campos de detencion de trabajos forzados.

COMANDANTES
General Theodor Eicke
General Mathias Kleinheiterkamp
General Georg Kepler
General Hermann Preiss
Teniente General Heinz Lammerding
Teniente General Max Simon
Mayor General Helmuth Becker