A pesar de todos los inconvenientes, el Ju 90 V1 realizo su primer vuelo en Agosto 28 de 1937, seguido de tres prototipos mas y diez aviones de produccion. Como esta version estaba equipada con los motores BMW 132 de baja potencia, se proyecto la version Ju 90S que estaria impulsada por motores mas potentes. Mientras se completaba el desarrollo anterior, los tres prototipos y los 10 Ju 90B-1 destinados a transporte se pusieron en la linea de produccion; el V2 y V3 volaron a principios de 1938, habiendose perdido en un accidente el V1 en Febrero. La Deutsche Luft Hansa confirmo su pedido para ocho aviones de linea, siendo adquiridos los otros dos por la South African Airways, que solicito le fueran colocados motores Pratt & Whitney twin Wasp, los cuales nunca fueron entregados.

Junkers Ju 290A-5 TIPO avion de patrulla maritima de largo alcance TRIPULACION nueve hombres PLANTA MOTRIZ cuatro motores radiales de 14 cilindros BMW 801D de 1700hp en despegue. PESO 4097kg vacio/4497kg maximo en despegue DIMENSIONES Envergadura 42.0m Longitud 28.64m Altura 6.83m Superficie alar 203.6m2 PRESTACIONES Velocidad maxima 440km/h a 5800m Velocidad crucero normal 360km/h Tiempo de trepada a 1850m/9.8min Techo de servicio 6000m Alcance en rango economico 6.150km ARMAMENTO una MG 151 20mm en dos torretas dorsales; una MG 151 en la cola; dos MG 151 en posiciones laterales; una MG 151 en gondola ventral hacia adelante; una MG 131 13mm en la parte trasera de la gondola ventral

A principios de 1939, el V4 fue reconstruido con el fin de asimilar las experiencias de diseño de los estudios del Ju 90S, incoprorando un nuevo diseño de ala, una aletas traseras mas finas y verticales y la adicion de una rampa trasera que podia ser llevada a nivel del suelo para admision de vehiculos directamente al interior y en vuelo para el lanzamiento de paracaidistas. A finales de 1939, Junkers separo la linea de produccion en tres diferentes sitio, en Dessau se trabajaria en la construccion del prototipo y las pruebas de vuelo, Letnay en Checoeslovaquia se encargaria del diseño, modelo basico y pruebas estaticas y Bernburg acometeria los trabajos de produccion. A principios de 1940, los aviones asignados a Lufthansa fueron puestos en servicio de transporte para la Luftwaffe, mas tarde algunos de ellos fueron enviados de vuelta a Junkers para participar en el desarrollo del programa del Ju 90S ahora denominado Ju 290. 

En Agosto de 1942 volo por primera vez el Ju 290, iniciandose la produccion en Brenburg con dos Ju 290A-0, seguidos de cinco Ju 290A-1 con armamento similar al Ju 90V8, estos aviones fueron enviados a la Luftwaffe como transportes, perdiendose en Stalingrado el V1 y uno de los A-0 fue gravamente dañado. En Enero de 1943 fue creada la LTS 290 que debia operar con Ju 90 sobrevivientes, haciendolo primero en Alemania y siendo trasladada despues al Mediterraneo, a finales de Abril se habian perdido dos Ju 290A-1 y la unidad fue redenominada Transportfliegerstaffel 5. 

Mientras tanto, la necesidad de un avion de reconocimiento maritimo de largo alcance se hizo indispensable, para ello se penso en el Ju 290, siendo modificado el Ju 290A-2 con la adicion de una torreta de defensa dorsal, cambios en el equipo de navegacion y un radar de busqueda FuG 200 Hohentwiel, estos ejemplares estuvieron listos para el verano de 1943, enviadas despues al recien constituido Fernauflarungsgruppe 5, posteriormente fueron asigandos cinco Ju 290A-3 equipados con torreta dorsal de baja resistencia al aire. Enseguida fueron entregados cinco Ju 290A-4 equipados con la nueva torreta trasera dorsal de Focke-Wulf, su armamento estaba constitido por un cañon MG 151 de 20mm. Debido a algunas restricciones operacionales notadas en los anteriores modelos se puso a punto el Ju 290A-5 que introducia un sistema de proteccion para los tanques de combustible y mejor blindaje a la cabina de la tripulacion. Las posiciones de defensa fueron implementadas con MG 151 y se aumento la tripulacion a nueve hombres para tener mas personal de artilleros.
 
 

Durante el ultimo año de la guerra, la KG 200 opero los Ju 290 en el lanzamiento de agentes clandestinos detras de las lineas enemigas.

La siguiente version fue la Ju 290A-7, de la cual fueron construidos 25 ejemplares; contaban con una nariz acritalada equipada con un cañon MG 151, para un total de siete MG 151 y un MG 131. En la seccion estaba instalado un radar Hohentwiel, y contaba con capacidad ofensiva aire-superficie representada en la introduccion del misil antibuque Hs 293, Hs 294 o FX 1400 Fritz X. Uno de estos fue capturado por los americanos y enviado a USA para evaluacion. 

Tres Ju 290A-9 fueron construidos como patrulla maritima de largo alcance equipados con tanques externos suplementarios y armamento reducido, tenian un alcance de 8.300km. La ultima version fue el Ju 290A-8, cuya diferencia principal con el A-7 era la adicion de dos torretas dorsales y una MG 151 en la cola, de estos se pidieron diez ejemplares, siendo terminados solo dos o tres antes de que la planta de Ruzyne en Checoslovaquia fueron capturada por los rusos. El segundo avion de preproduccion fue capturado por los rusos, transportado a la fabrica de Letov, terminado y volando en Agosto de 1946, desigando como L 290 Orel, siendo ofrecido a la aerolinea checoslovaca, quien no mostro interes. siendo finalmente desguazado en Letnany en 1956.

Otra de las versiones programadas fue la Ju 290B, que se esperaba fuera un bombardero con su carga exterior y cuatro cañones en la nariz, un torreta en la cola, dos dorsales y una barbeta ventral accionada a control remoto, este volo en el verano de 1944 como Ju 290B-1, sus prubas de vuelo fueron completas en Checoslovaquia en Mayo de 1945. 

Junkers Ju 390
El lider del equipo de desarrollo del Ju 290, Ing. Kraft, concibio la idea de que agrandando el ala y la seccion del fuselaje del Ju 290, el mismo impulsado por seis motores podria desempeñar un excelente trabajo como avion de reconocimiento maritimo de largo alcance, transporte y bombardero. Inicialmente se ordeno la construccion a principios de 1942 de tres prototipos, el V1 en dessau y el V2 en Bernburg. El primer vuelo del V1 tuvo luga en Agosto de 1943 impulsado por tres BMW 801D, superficie alar de 50.3m y longitud de 31.1m. El V1 era el prototipo de transporte, logrando transportar una carga de 10.000kg sobre una distancia de 8000km a 330km/h, durante 1944 fue enviado a Praga para pruebas de reabastecimiento en vuelo, con la idea de usarlo como tanquero del Ju 290A en vuelos de patrulla. 

El V2 volo en octubre de 1943 con un fuselaje alargado de 33.6m y equipado como avion de patrulla maritima con radar Hohentwiel, armamanto defensivo (dos torretas dosales Mg 151, una MG 151 hacia atras desde gondola ventral, una MG 151 en la cola, una Mg 131 hacia adelante desde una gondola y dos MG 131 en posiciones laterales). En Enero de 1944 este avion realizo un vuelo de 32 horas desde Mont-de-Marsan hasta un lugar a 20km de la costa de USA cerca a Nueva York. 

El desarrollo del bombardero se centro en el V3, teniendo baja prioridad por el desarrollo paralelo del Ju 290, el Ju 390A bombardero estaba equipado con motores BMW 801E y armamento incrementado con cuatro cañones en la parte delantera y trasera. Se pervio la construccion de una version de reconocimiento a gran altura con una superficie alar de 55.36m pero nunca fue construida. El Ju 390 es recordado como el avion convencional mas grande construido en Alemania durante la guerra.

OPERACIONAL
La 1./FAGr 5 inicio operaciones desde Mont-de-Marsan en Octubre 15 de 1943, seguida un mes mas tarde por la 2./FAGr 5. Cubriendo una gran area del Atlantico, los Ju 290 localizaban objetivos para los U-Boat y efectuaban labores de reconocimiento para la KG 40 a partir de Merignac. En la primavera de 1944 entro en servicio el Ju 290A-5, la cual fue la version mas utilizada, con un total de 11 unidades construidas, se constituyo la 4./FAGr 5, grupo que a lo largo de su servicio no conto con mas de 20 unidades, siendo esto totalmente inadecuado para la tarea encomendada. Tres ejemplares de esta version fueron llevados posteriormente a Finsterwalde donde se les quito el armamento defensivo y fueron dotados con tanques suplementarios de combustible, siendo enviados desde Mielec en un vuelo directo hasta Manchuria con carga especial para los japoneses, retornando con material estrategico para el esfuerzo de guerra aleman.
 
 

Junkers Ju 290A-5 del Fernaufklärungsgruppe 5, con base en Mont-de-Marsan, Francia, 1944	Junkers Ju 290A-7 con nariz alargada, capturado y enviado a los USA para evaluacion.

Con el desembarco aliado en Normandia, la base en Mont-de-Marsan quedo expuesta al avance y a finales de Agosto de 1944, el FAGR 5 fue trasladado a Alemania. La mayoria de los Ju 290 sobrevivientes fueron dedicados a tareas de transporte. Una de las unidades que uso extensivamente el Ju 290 fue la I/KG 200 para el lanzamiento de agentes espia en territorio enemigo.

Existio un Ju 290A-6, ejemplar unico, que fue acondicionado como transporte personal de Adolf Hitler, contando con 50 asientos, volando con la I/KG200 desde Finsterwalde, realizo su ultimo vuelo hacia Barcelona (España) en la ultima semana de Abril de 1945, bajo el mando del Capitan Braun, primer comandante de la LTS 290, el avion permanecio en España, siendo adquirido por el gobierno español y usado como transporte de personal para la Escuela Superior de Vuelo en Salamanca, siendo retirado del servicio despues de un accidente a mediados de los años 50.