Este segundo ejemplar fue equipado mas tarde con un motor Siemens SAM 22B radial, el cual fue finalmente adoptado para las versiones siguientes.  El ejemplar inicial de produccion, He 46c (denominado mas tarde He 46C-1) podia transportar una camara o 20 bombas de 10 Kg almacenadas verticalmente detras de la cabina principal, se enviaron 20 unidades de este tipo a España en 1938 para el uso de las Fuerzas Nacionalistas. 
La denominacion He 46F fue asignada a un ejemplar que combinaba una celda de He 46C con un motor Armstrong Siddeley de 560 hp con cubiertas protectoras, se prodUjeron 14 unidades con la denominacion He 46F-1 y He 46F-2 como avion de entrenamiento de observacion. Los escuadrones de reconocimiento de la Luftwaffe fueron equipados con He 46, el cual fue reemplazado a partir de 1938 por el He 126; los restantes He 46 conformando cinco escuadrones prestaron servicio en la campaña de Polonia y para la epoca de la guerra con los Paises Bajos estaban relegados a tareas de segunda linea. 

Los aviones entregados a Hungria prestaron servicio durante los primeros meses de la guerra en el Frente del Este y a partir de la primavera de 1943, este fue usado por la Luftwaffe en los grupos de ataque nocturno [Nachtschlachtgruppen] permaneciendo en este tipo de acciones hasta la disolucion de estas unidades.

En total se construyeron 478 unidades en las fabricas de Warnemunde (Heinkel 200); Fieseler (12), Gotha (24), Leipzig (MIAG 83) y Siebel (159) en el periodo comprendido de 1933 a 1936. Bulgaria produjo una version con la parte del motor equipada con cubiertas protectoras, la cual se denomino He 46e, pero debido a problemas de mantenimiento por estas protecciones, muchos de estos volaron si las cubiertas instaladas, un pequeño numero de este tipo fue entregado a Hungria.