El prototipo Junkers realizo el primer vuelo de prueba el 21 de Diciembre de 1936 como Ju-88 V1, este se destruyo al inicio de las pruebas a gran velocidad. El prototipo Ju-88 V3 estaba impulsado por el Jumo 211A y ya portaba equipo militar, una cabina mas alta, ametralladora dorsal, otra de tiro frontal y capacidad paar 500kg de bombas, con ayuda de un visor situadao en barquilla debajo de la proa. Su quinto ejemplar Ju-88 V5 volo en Abril de 1938 cuando fue revelado a la luz publica, desarrollando para esa epoca una velocidad de 517 Km/h con carga util de 2000 Kg.  Los prototipos de preguerra tenian grandes frenos de picado ranurados bajo la seccion exterior de los planos y cuatro soportes para bombas en las secciones interiores, capacaes de llevar una bomba SC500 de 500kg, en las bodegas internas podia transportar 28 bombas de 50kg. 

Desde 1938 el Ministerio del Aire del Reich tuvo claro que el Ju-88 era un avion potencialmente superior al Do-17 y He-111, por ello se dedicaron a su produccion las plantas de Arado en Barndenburg-Neuendorf, de Dornier en Wismar, Heinkel en Oranienburg, Henschel en Berlin y Wolkswagen en Wolfsburg. En 1944 muchas plantas colaboraban ademas con partes como la ATG en Leipzig y fabricas en Checoeslovaquia y Francia.

El avion de serie Ju-88A-1 era impulsado por los Jumo 211B-1 de 1200 hp, 12 cilindros en V invertida con inyeccion directa de combustible. Como otros aparatos de la Luftwaffe fue previsto como bombardero de caracter tactico y por ello adolecia de escasa capacidad de almacenamiento para combustible, se le añadieron depositos en las alas y aun en el compartimiento de bombas para una capacidad maxima de 3575 litros. Como avion diseñado para el bombardeo en picado estaba dotado de grandes frenos de picado, para lo cual se utilizaba un angulo de 60 grados mediante visor de punteria suspendido en el techo de la cabina; en mision de bombardeo horizontal utilizaba un visor situado a proa. 

El primer Grupo equipado con este veloz bombardero fue el KG 30, demostrando la eficacia del desempeño a traves de toda la guerra. En 1940 se puso a punto la version Ju-88 A-4 de gran envergadura alar con motores Jumo 211J de mayor potencia. La seie Ju-88B, propuesta en 1936, introdujo una acbina mas espaciosa, su construccion se retraso debido a varios factores, entre ellos el retraso en la entrega de los motores, derivando finalmente en el Ju-188 de alas en punta y gran envergadura, torreta dorsal y deriva de mayor superficie. El Ju-88C era un version de caza pesado (Zerstörer), habiendose instaldo a proa un cañon de 20mm MG FF y tres MG 17 fijas, de tiro frontal, denominado como Ju-88C-1.

Debido a las incursiones de la RAf en 1940, se inicio el desarroloo de una version para caza nocturna, estos fueron el Ju-88C-6b y Ju-88C-6c, impulsados por motores Jumo y a finales de 1942 con radares Lichtenstein BC o Lichtenstein C-1 o el avanzado SN-2 en 1944 y sensores FuG 227 Flensburg que detectaba als emisiones del radar de alerta de los bombarderos de la RAF, con lo cual se guiaba para encontrarlos. En 1943 se instalo un armamento de tiro vertical, muy eficaz contra los bombarderos pesados de la RAF.

En 1943 con el fin de lograr mejores rendimientos en los bombardeos, los alemanes resucitaron la idea desarrollada inicialmente por Bristol en 1916, de unir un avion portador con una celula de otro, convertida en una gran bomba, esta seria concida como Mistel;la primera conversion combino un Ju-88A-4 con un Bf-109F, la nariz del Ju-88 fue removida y cambiada por una cabeza de ataque de 3800 kg. Los primeros vuelos operacionales se realizaron amediados de 1944 cuando cuatro buques aliados fueron atacados en la noche, todos fueron impactados, pero nunguno hundido. En Diciembre de 1944 se elaboro un plan apara atacar la Flota Britanica en Scapar flow con 60 Mistel; este ataque no se llevo a cabo por el mal tiempo. 
 
 

Ju-88A-4 del III/LG 1 a mediados de 1942 en el Mediterraneo	Ju-88A-5 del I/KG 54 durante la batalla de Inglaterra, 1940
Ju-88G-1 caza nocturno equipado con radar Liechtenstein	Ju-88G-7 del IV/NJG 6
Ju-88C del 4./KG 76 en Taganrog	Ju-88A-14 del Gruppenstab II/ZC1, en Mamaia, Rumania,1944
Ju-88A-4 del I/KG 54 usado en Salerno y Sicilia	Ju-88A-10 del II/LG 1 operando en Creta en Octubre 1942

Ju-88G-1 |Caracteristicas Tecnicas|
La version de caza nocturno estaba equipada con el radar FuG 220 Lichtenstein SN-2 equipada con antenas aereas operando en la banda de 90 MHz. Este radar podia operar eficientemente aun en el entorno de supresion conformado por laminillas (chaff lanzadas por los bombarderos britanicos para impedir la accion del radar). El Ju-88G-1 estaba equipado con el sistema de antenas montado en las alas FuG 227 Flensburg, un receptor pasivo que se enganchaba en los radares de alerta instalados en la cola de los bombarderos britanicos. En algunos aviones se instalo el FuG 350 Naxos Z que identificaba el radar HS usado por los aviones señalizadores de blancos britanicos.La version Ju-88G-1 se utilizo como caza nocturno triplaza, velocidad maxima de 573 Km/h y cuatro MG 151 en compartimento ventral. En total se produjeron 14780 unidades en todas las versiones de Ju-88. 

Ju-88H |Versiones|
Esta serie de Ju-88 era un version de reconocimiento de muy largo alcance con fuselaje alargado en 17.64m; el Ju-88H-1 disponia de un radar Höhentiwiel , el Ju-88H-2 estaba armado con una bateria de seis MG151, siendo utilizado principalmente en la profundo del Atlantico.