BREST
La localidad de Brest en Francia, este era el hogar de la 1. Unterseebootsflotille , para la epoca que fue movida de su base original el Kiel (Alemania) a Francia, habia reemplazado ya sus U- Boat Tipo II por los Tipo VII y operaba algunos Tipo IX desde el complejo de bunkers en Brest. La base estuvo durante la guerra bajo el mando del Korvettenkapitan Hans Eckermann (Enero a Octubre de 1940), Kapitanleutnant Heinz Bucholz (Febrero de 1942 a Julio 1942), y el Korvettenkapitan Werner Winter (Julio 1942 a Mayo 1945). Este puerto tambien cobijaba a la 9. Unterseebootsflotille , unidad creada en tiempos de la guerra y equipada con U-Boat Tipo VII estando bajo el mando del Kapitanleutnant Jurgen Oesten (Noviembre 1941 a Marzo de 1942) y el Korvettenkapitan Heinrich Lehmannn-Willenbrock (Marzo de 1942 a Agosto de 1944). 

Brest fue la base de operaciones entre otros del As Kapitanleutnant Reinhard Suhren y el Kapitanleutnant Adalbert Schnee. Suhren, que sirvio cmo aprendiz bajo el mando de Herbert Schulze en el U-48, obtuvo el mando del U-564 y hundio un total de 18 buques con un tonelaje de 95.000 toneladas; mientras Schnee en el U-201 hundio un total de 21 buques con 89.000 toneladas. 

LORIENT
En el verano de 1940, la 2. Unterseebootsflotille fue transferida desde su base en Wilhelmshaven hacia la base de Lorient en Francia. Los dos unicos ejemplares construidos de los U-Boat Tipo IA sirvieron con esta unidad. La flotilla estaba equipada con U-Boat tipo VII y Tipo IX. Sus comandantes fueron el Korvettenkapitan Werner hartman (Enero de 1940 a Mayo 1940), Korvettenkapitan Heinz Fisher (Junio 1940 a Octubre 1940), Korvettenkapitan Viktor Schutze (Octubre 1940 a Enero 1943) y Fregattenkapitan Ernst Kals (Enero 1943 a Mayo 1945).  Esta base tambien albergo a la 10. Unterseebootsflotille que operaba una mezca de U-Boat Tipo IX, XB y XIV. La flotilla estaba comandada por el Korvettenkapitan Gunther Kuhnke (Enero 1942 a Octubre 1944).

Aces como el Kapitanleutnant Fritz-Julius Lemp en el U-30, Kapitanleytnant Gunther Prien en el U-47, Kapitanleutnant Otto Kretschner en el U-99 y el Kapitanleutnant Joachim Schepke en el U-100 operaron desde Lorient, alcanzando entre todos un total de 720.000 toneladas de buques enemigos hundidos. Lorient fue tambien la base de operaciones del Kapitanleutnant Reinhard Hardegen , comandante del U-123, que hundio 24 buques enemigos totalziando 123.000 toneladas; esta base tambien albergo a los U-48, U-99, U-103, U-124 y U-107 los cinco U-Boat con el mas alto porcentaje de buques hundidos durante toda la guerra. 

LA PALLICE
Esta base francesa fue el hogar de la 3. Unterseebootsflotille transferida desde su base inicial en Kiel despues de la caida de Francia en 1940. Despues de que sus botes Tipo II fueron retirados opero solamente Tipo VII. Esta flotilla tuvo como comandantes a los Korvettenkapitan Hans Rudolf Rosing (Marzo 1941 a Julio 1941), Korvettenkapitan Herbert Schultze (Julio 1941 a Marzo 1942), Korvettenkapitan Heinz von Reiche (Marzo 1942 a Junio 1942) y Korvettenkapitan Richar Zapp (Junio 1942 a Octubre 1944).

Desde La Pallice operaron aces de submarinos como el Kapitanleutnant Peter "Ali" Cremer en el U-333, Kapitanleutnant Heinz-Otto Schultze con el U-432 y el Kapitanleutnant Siegfried von Forstner con el U-402, entre ellos hundieron 174.000 toneladas de buques enemigos. 

ST NAZAIRE
Saint Nazaire fue el hogar de la 6. Unterseebootsflotille que opero exclusivamente con U-Boat Tipo VII. Su base original fue el puerto de Danzig en el Mar Baltico. Sus comandantes fueron el Korvettenkapitan Wilhelm Schultz (Septiembre de 1941 a Octubre 1943) y el Korvettenkapitan Carl Emmermann (Octubre de 1943 a Agosto 1944). Saint Nazaire alojo a dos de los mas famosos U-Boat de toda la guerra, el U-96 con su distintivo "pescado riendo", bajo el mando del Kapitanleutnant Lehmann Willebrock que hundio 25 buques con un tonelaje total de 183.250 toneladas y el U-552 "Diablo Rojo" bajo el mando del Kapitanleutnant Erich Topp que hundio 35 buques con un total de 192.600 toneladas.

BORDEAUX
Esta base fue el hogar de la 12. Unterseebootsflotille asi como de submarinos italianos. Desde esta base operaron U-Boat Tipo IX y Tipo XIV , estando la base bajo el mando del Kprvettenkapitan Klaus Scholz (Octubre de 1942 a Agosto de 1944). Bordeaux es principalmente conocida por ser base de operaciones para submarinos italianos y los U-Boat denominados "vacas lecheras", un tipo de U-Boat desarrollado para transportar suministros y municiones a otros U-Boat en patrulla. Esta fue tambien la base de operaciones para el Korvettenkapitan Wolfgang Luth, quien al mando del U-181 hundio un total de 47 buques con 221.000 toneladas, convirtiendolo en el comandante de submarino mas exitoso de la II Guerra Mundial y ganador de la Cruz de Caballero con Hojas de Roble, Espadas y Diamantes.

TRONDHEIM
Los bunkers de este puerto Noruega fueron el hogar de la 13. Unterseebootsflotille bajo el mando del Fregattenkapitan Rlf Rûggeberg (Junio de 1943 a Mayo 1945). Esta flotilla estaba equipada con los U-Boat Tipo VIIC, dentro de los aces que operaron desde Trondheim estuvo el Kapitanleutnant Max-Martin Teicherr, comandante del U-456 que hundio el crucero HMS Edinburg; el Kapitanleutnant Hans-Gunther Lange del U-711, ganador de las Hojas de Roble que hundio el destructor ingles HMS Asahanti; el Oberleutnant Otto Westphalen comandante del U-968 que dentro de sus hundimientos incluyo tres buques de guerra enemigos y el Kapitanleutnant Paul Brasak, comandante del U-737. 

BERGEN
Esta base alojo a la 11. Unterseebootsflotille equipada con U-Boat Tipo VIIC. Esta flotilla estuvo bajo el mando del Fregattenkapitan Hans Cohausz (mayo de 1942 a Enero 1945) y el Fregattenkapitan Heinrich Lehmann-Willenbrock (Enero 1945 a Mayo 1945). Dentro de los aces que operaron desde Bergen estuvo el Kapitanleutnant Heinrich Schroeteler , el Kapitanleutnant Rolf Thomsen comandante del U-1202, el Kapitanleutnant Karl-Heinz Franke; Kapitanleutnant Horst von Schroeter y el Korvettenkapitan Peter "Ali" Cremer, todos ellos comandantes del nuevo tipo de U-Boat XXI.

KIEL
Kiel fue el hogar de las 1. 3. 5 y 7 Unterseebootsflotillen. Todas ellas transferidas a diversas bases en Europa a partir de inicios de la guerra. Estas flotillas no contaron con bunkers para su proteccion y las fotografias de preguerra muestran los U-Boat colocados uno al lado del otro. Las 1, 3 y 7 Unterseebootsflotillen fueron ubicadas bajo el mando del Fuhrer der U-Boote Oeste y la 5. Unterseebootsflotille bajo el mando del Fuhrer der U-Boote Este.

WILHELMSHAVEN
Este puerto fue el hogar de las 2, 6, 22 y 31 Unterseebootsflotillen , mientras que las 22 y 31 lo usaron en la parte inicial de la guerra, mas tarde las 2. 6 y 31 quedaron bajo el mando del Fuhrer der U-Boote ESte; la 22. Unterseebootsflotille quedo bajo el mando del 2. Unterseebootslehrdivision.

PILLAU
Este puerto en la bahia de Danzig, fue una de las bases a partir de las cuales operaron las flotillas de entrenamiento de los U-Boat. Durante la mayor parte de la guerra, el Mar baltico estuvo bajo el control de Alemania y sus aguas eran relativamente seguras para las inexperimentadas tripulaciones en etapa de entrenamiento. Durante varios periodos fue el hogar de las 19, 20, 21 y 26 Unterseebootsflotillen. 

GOTENHAFEN
En la parte oeste de la bahia de Danzig, fue en varias ocasiones la base de operaciones para las 22, 24, 25 y 27 Unterseebootsflotillen.Todas ellas flotillas de entrenamiento. Fue tambien la base de operaciones para la 2. Unterseebootslehrdivision.

HELA
Este puerto ubicado en el Mar Baltico, cerca de Gotenhafen, fue en varias oportunidades hogar para entrenamiento de tripulaciones de U-Boat, pero no tuvo flotillas asignadas de manera permanente.

DANZING
Este puerto fue base de operaciones para las 23, 24 y 25 Unterseebootsflotillen. Fue tambien la base final de operaciones de la 23. Unterseebootsflotille , a partir de Agosto de 1943 hasta el final de la guerra, especializada en el entrenamiento de las tripulaciones para el lanzamiento de torpedos bajo el agua. Todas las tres eran flotillas de entrenamiento. Danzig fue tambien la base de operaciones de Fuhrer der Unterseeboote Este. 

Ademas de las anteriores bases, tambien se establecieron bases para la operacion de U-Boat en:

Memel: ubicada en la parte este del Mar baltico, esta fue una de las bases de operacion temporales para la 25. Unterseebootsflotille y tambien hogar de la 4. U-Bootelehtdivision. 
Libau: ubicada al norte de Memel, fue otra de las bases temporales de operacion para la 25. Unterseebootsflotille.
Neutadt: este puerto, ubicado en Schleswig-Holstein, aunque no fue una base operacional, fue el hogar de las 1. y 3. U-Bootlehrdivision. 
Travemûnde: ubicado al noreste de Hamburgo, este puerto sobre el Mar baltico fue tambien base temporal de la 25. Unterseebootsflotille.
Eckerfôrde: esta importante base naval ubicada al norte de la parte final este del Canal de Kiel, fue la base final de la 24. Unterseebootsflotille , Las aguas de este puero fueron usadas para pruebas de buques de guerra.
Warnemûnde: justo al norte de Rostock, esta fue la base final de operaciones para la 26. Unterseebootsflotille.
Kônigsberg: este ciudad de Prusia del Este, fue el hogar de la 32. Unterseebootsflotille antes de ser transferida hacia hamburgo, cuanto esta fue tomada durante el avance ruso. La flotilla estaba bajo el mando del Fuhrer der U-Boote Este.
Flensburg: adyacente a la Academia naval de Mûrwik, Flensburg fue la base de operaciones de la 33. Unterseebootsflotille , cuyos U-Boat pasaron largos periodos en el Lejano Oriente. 
Horten: ubicada en la parte sur de la costa de Noruega, esta base fue dedicada a entrenamiento y reparaciones. No fue hogar especifico de ninguna flotilla.
La Spezia, Pola y Salamis: la Spezia esta ubicada en la parte noroeste de Italia; Pola en el Mar Adriatico cerca a la frontera con Yugoslavia y el puerto griego de Salamis, fueron todos base de operaciones de la 29. Unterseebootsflotille , una gran unidad operacional equipada con 54 U-Boat bajo su control. Esta flotilla ademas uso los puertos franceses de Tolon y Marsella. 
Constanza y Fedosia: Constanza esta ubicada en el mar Negro y Fedosia en Crimea fueron la base principal de operaciones de la 30. Unterseebootsflotille.