En Septiembre 13 de 1939, Schorner y su regimiento participan en la campaña de Polonia, demostrando gran coraje en la accion, capturando la Colina 374 en las Alturas de Zbolska. En 1940 todavia como comandante del 98º Regimiento de Montaña, alcanza el grado de Coronel, participa en la Campaña de Francia y Belgica. Terminada la campaña, recibe el mando de la 6º Division de Montaña, siendo enviado en 1941 a los Balcanes. En abril 6 de 1941, la division toma parte en la Invasion de Grecia, Schorner y sus hombres trasponen la montaña griega a 3000 m de altura, cortando la ruta de suministros desde Salonica. La 6º Division acompañada de la 2º SS Division Panzer "Das Reich" captura Atenas unas semanas despues, recibiendo por esta accion, la Cruz de Caballero; Schorner y su division permanecen en Grecia para descansar y reabastecerse. Durante la Invasion a Rusia, Operacion Barbarroja, Schorner y la 6º Division es asignada al sector del Artico en el Fente del Este, la divsion tiene gran cantidad de bajas durante esta parte de la guerra; su tarea principal es mantener el niquel de la zona de Pechenga en manos alemanas. Cuando los sovieticos abren su ofenisva contra la zona del artico, la 6º Division de Montaña toma parte en las batallas defensivas.

En Enero de 1942, Schorner es promovido al rango de mayor General y asigando como comandante del Cuerpo Montado Noruego. En 1942 es designado comandante del 40º Cuerpo Panzer en Ucrania, estacionado inicialmente en la cabeza de puente de Nikopol al este del rio Dnepr. En Enero 30 de 1943, el 40º Cuerpo Panzer es atacado por el 4º frente Ucraniano, en Febrero 2, los rusos avanzan hacia la interseccion ferroviaria que une Nikopol con el territorio aleman. En Febrero 4, Schorner ordena la retirada, salvando a sus hombres de ser atrapados en una bolsa. En Febrero 15, la retaguardia del 40º Cuerpo Panzer se libra de ser aniquilada; en Febrero 18, Schorner es puesto a cargo del Cuerpo Nacional Socialista de Lideres; despues de un corto tiempo, se le asigna el mando del Grupo de Ejercitos A, denominado mas tarde como Grupo Sur Ucrania, constituido por Ejercitos alemanes y rumanos. 

En Abril 7 de 1944, Schorner es enviado a realizar un reconocimiento de la Fortaleza de Crimea, dando un reporte positivo, lo cual resulta no ser verdad. El 17º Ejercito no esta preparado y sufre de falta de equipo, poco tiempo despues de la inspeccion, es 17º Ejercito es atacado por los rusos y la mayor parte es destruida, retirandose el resto a Sebastopol. Schorner trata de que Hitler autorice la evacuacion de los soldados, a lo cual este se rehusa; en Mayo 5 los sovieticos lanzan un ataque contra Sebastopol, donde se  rinden 43.000 soldados alemanes. En Julio 23, Schorner es asignado como comandante de Grupo de Ejercitos Norte que defiende los Estados Balticos. En Junio 22 de 1944, los rusos lanzan su operacion Bragation, contra el Grupo de Ejercitos Centro, al cual aniquilan, dejando expuesto el flanco derecho de Schorner, que solicita a Hitler su permiso para retirarse de Estonia, a lo cual este se rehusa. En Septiembre 14, los rusos atacan con 140 divisiones y nuevamente Schorner ruega a Hitler para que permita la retirada, a lo cual este accede. Schorner se retira de Estonia, el Grupo de Ejercitos es atrapado en la Bolsa de Courland donde permanece hasta el final de la guerra. 

En Enero de 1945, Schorner es asignado como comandante del Grupo de Ejercitos Centro, encargado de la defensa de Silesia a todo costo. Cuando los sovieticos lanzan su ofensiva, el Grupo de Ejercitos es obligado a retroceder a Checoslovaquia, en Marzo Schorner predice un avance de los rusos sobre Praga, siendo reforzado el Grupo de Ejercitos con 600.000 hombres. En Abril de 1945, Schorner alcanza el rango de General Mariscal de Campo; el abril 24, Berlin se encuentra rodeado por las fuerzas sovieticas, Hitler anuncia que en caso de su muerte, Schorner quedara como Comandante del Ejercito Aleman. Pocas horas despues, Berlin cae bajo las tropas rusas, Schorner deserta y toma un aeroplano en el cual pretende escapar a Baviera, pero su avion se estrella en Austria y es detenido porteriormente por los americanos, siendo entregado a los sovieticos. Una corte sovietica sentencia a Schorner a 25 años de prision, en la cual solo pasa diez años. Retorna a Alemania Oeste, donde es acusado de maltratos a soldados alemanes pasando cuatro y medio años en prision, es liberado en 1963, viviendo en Alemania el resto de sus dias, en la pobreza. Muere en Julio 6 de 1973 de un ataque al corazon.