Es encargado de la division de cruceros de batalla al inicio de la I Guerra Mundial; el 2 de Noviembre de 1914 el Syidlitz (nave insigania), Moltke, Von del Tann y el Blücher junto con cuatro cruceros ligeros bombardea Great Yarmouth y efectua un minado; seis semanas despues, el 15 de Diciembre el Seydlitz con el Moltke, Von der Tann, Derfflinger, Blucher, cuatro cruceros ligeros y dos flotillas de botes torpederos bombardean en la Costa Este las ciudades de Scarborough, Hartlepool y Whitby, estos ataques tiene poco efecto militar, pero causan gran cantidad de baja s civiles. El 23 de Enero de 1915, sin tener conocimiento de que la Flota inglesa a descifrado parcialmente sus codigos navales, Hipper, abordo del Seydlitz, nave insignia y el Moltke, Derfflinger, Blücher, cuatro cruceros pequeños y 19 botes torpederos, es interceptado por una fuerza superior britanica  a la altura del banco de Dogger. El Blücher, el mas lento del grupo, recibe gran cantidad de proyectiles; los alemanes haciendo uso de su superioridad en cañones, dañan severamente al crucero de batalla Lion. Como resultado de un error en el sistema de señales, el comandante britanico concentra su fuego sobre el Blücher, permitiendo que el resto de la fuerza alemana pueda escapar.

Hipper es promovido a Vicealmirante el 17 de Junio de 1915 y durante la batalla de Jutlandia, en Mayo 31 de 1916 esta al mando de la division de cruceros de batalla, inflingiendo severos daños a los buques britanicos, son hundidos el Indefatigable, Invincible y Queen Mary, con la perdida de su buque insignia, el Lützow, que debe eser hundido. Al final de la batalla, encabeza un ataque de sus cruceros contra la formacion inglesa, la cual esta desperdigada por un ataque de torpedos de los destructores alemanes, permitiendole al final, retirarse sin daños.

Recibe en Junio 6 de 1916 la Cruz de Baviera, por su papel en Jutlandia. En Agosto 11 de 1918, como Almirante, sucede al Almirante Scheer como Comandante de la Flota Alemana de Alta Mar, dejando el servicio en Diciembre 13 de 1918. Muere en Othmarschen el 25 de Mayo de 1932 y es enterrado con una gran ceremonia en el cementerio de Ohlsdorfer en Hamburgo, la guardia de honor esta conformada por 300 hombres de la 3° Flotilla de Torpederos, los discursos de despedida a cargo de los Almirantes Raeder y Souchon. Sus restos son trasladados mas tarde a Weilheim de acuerdo con sus ultimos deseos.