La mayoria de esta flota fue enviada al mar de Aaland, mientras los cruceros Leipzig y Emden fue estacionados en Libau, la flota fue inicialmente concentrada en Swinemuende y con vistas a su despliegue se ordeno a la flota de desminadores abrir la ruta Swinemuende - Aalands y a los minadores Kaiser, Cobra y Koening Louise reforzar el bloque a Juminda con la colocacion de un cerco de 400 minas. El mando aereo fue provisto a su vez de aviones de reconocimiento Ju-88 para observacion aerea. En Septiembre 24 los aviones de reconocimiento reportaron que la Flota sovietica se encontraba seriamente dañada en sus muelles de Kronstadt y Neva, por lo cual se ordeno al Tirpitz y Admiral Scheer a retornar a sus puertos en Alemania, reforzando la flotilla de torpederos. Los buques sovieticos serian utilizados mas tarde, durante el cerco a Leningrado, como baterias flotantes, el personal que no era necesario para el empleo de los buques en este cometido fue encuadrado en brigadas de infanteria de marina, habiendose organizado entre 1941 y 1942, 9 brigadas con 130.000 hombres, siendo usadas en la cabeza de puente de Oranienbaum y el Frente del Neva.

La guerra en esta parte del frente se concentro en acciones de buques minadores, botes S y botes U; durante 1941 las perdidas alemanas fueron 25 buques militares y 18 mercantes, mientras los sovieticos perdieron 8 destructores, 7 torpederos, 9 desminadores, 6 submarinos, 2 transportes y 40 cargueros. En el verano de 1941, la flotilla sovietca asignada al Lago Peipus fue destruida por constantes ataques de la Luftwaffe; cuando las tropas del 18° Ejercito alcanzaron el lago, no encontraron ningun buque en servicio. 

1942
El invierno de 1941/42 congelo las aguas de Kronstandt y el Golfo de Finlandia, impidiendo las operaciones en esa epoca. Para los inicios de 1942, las tropas alemanas y finlandesas habian ocupado las islas de Hogland y Tytaersaari, dejando cerrado el Golfo de Finlandia entre Reval y Wiborg. El Comandante de las Fuerzas de Minadores, Contralmirante Boehmer, ordeno reforzar el minado del Golfo de Finlandia con la colocacion de ocho campos minados y un total de 12.873 minas. Solo las fuerzas de submarinos sovieticas lograron el rompimiento del bloqueo con el S-303 del Capitan de Corbeta Travkin en Junio 13 de 1942 y posteriormente el S-317 del capitan Mokhov y S-406 del capitan Ossipov, en los meses siguientes mas submarinos sovieticos lograrian pasar el bloqueo y durante 1942 inflingirian perdidas por 52.000 toneladas a la marina mercante alemana, a pesar de esto, en las rutas entre Alemania, Finlandia y los puertos balticos transitarian un total de 203 buques de guerra, 75 buques hospital y 1868 buques comerciales, transportando entre otros a 405.000 soldados, 12.866 vehiculos y 377.000 toneladas de suministros durante 1942. 

El control de las fuerzas navales alemanas en los territorios del este, estaba bajo el mando del Vicealmirante Burchardi con su cuartel general en Reval, con un aerea de operacion entre la frontera con Lituania y la linea de combate en la zona de Leningrado y Oranienbaum. El comando fue a su vez dividido en dos areas defensivas: el area Latvia desde la frontera de alemana - lituana hasta la frontera lituano - estonia, incluyendo Riga y el curso bajo del Duena, como comandante el Capitan de Marina Dr Kawelmacher con sede en Libau, en la zona estaban desplegas el 712° Batallon de Defensa Aerea y el 7° Batallon de Reemplazos de Artileria Naval con sede en Libau. Entre la frontera lituano - estonia y la linea principal del frente y a traves de las islas del Baltico, se hallaban desplegados el 530° y 532° Batallones de Artilleria Naval, los 239° y 711° Batallones de Defensa aerea, bajo el mando del Capitan de Fragata Terfloth con sede en el puerto de Reval. 

En Julio 7 los buques pertenecientes a la 31° Flotilla de Minadores del Capitan de Fragata von Ramm llegaron al Lago Ladoga, este cuenta con una extension de 18.700km2 y en el tendrian lugar acciones entre barcos alemanes, fineses y rusos. En la zona tambien estuvo la 12° Flotilla MAS italiana, la cual junto con los buques alemanes e italianos fueron retirados en Octubre. El corazon de las fuerzas navales en el lago estaba conformado por barcazas de defensa bajo el mando de la Luftwaffe al mando del Coronel Siebel, estos llegaron al lago en Agosto; en Octubre 22 tuvo lugar un ataque nocturno de 16 transportes alemanes, 7 botes y la Flotilla MAS a la bateria costera de la isla de Suho, las tropas de asalto debieron ser retiradas despues de 10 minutos de combate, pues dos de los transportes chocaron con tierra y fueron alcanzados por tiros directos de la bateria. El 54° Escuadron de Caza presto cobertura aerea a la operacion, la cual fue suspendida despues de tres horas.

1943
El control de las operaciones navales bajo el Contralmirante Boehmer estaba subordinado al Mando Naval del Grupo Norte, para esto contaba en 1942 con varios grupos y flotillas de minadores, desminadores, buques de patrulla y torpederos. A pesar de que la marina sovietica en la zona era superior en numero, durante 1943, sus 33 submarinos y 29 torpederos no realizaron ningun intento de romper el bloqueo. En en transcurso de este año se instalo por parte alemana una red submarina en el Golfo de Finlandia, la cual tenia una profundidad de 60m y extension de 60km, impidiendo la aparicion de submarinos rusos en el Baltico durante este año. Durante el periodo 148 buques de carga y 139 buques hospital con un tonelaje de 1.085.000 hicieron curso entre Alemania y los puertos del Baltico. 

1944
Con la primera retirada en la zona de Leningrado, se decidio el transporte de buques de apoyo en el Lago Peipus, para ello se llevaron por tierra 24 barcas de artileria, 30 transportes, 4 costeras y 4 botes de mando; los rusos por su parte, una vez llegaron a la parte este del Lago, desplegaron botes torpederos y botes planos de artilleria; el primer combate ocurrio en Junio de 1944 con un encuentro entre cuatro botes costeros alemanes y buques sovieticos. En Agosto los buques alemanes fueron transportados a Dorpat, pues los puntos costeros estaban bajo ataque constante de los partisanos, finalmente en Septiembre los buques restantes fueron enviados por via ferrea fuera del lago. Para finales de 1944, el contingente naval aleman en el mar Baltico estaba conformado por la 1°, 2° y 3° Flotilla de Minadores (35 buques), 13°, 21° y 24° Flotillas de desembarco (40 buques); la 7° Flotilla de Artilleria (17 buques) y las 3°, 14° Flotillas de Seguridad con las 3°, 9° y 17° Flotillas de Botes Patrulla (120 buques). En el verano de 1944, el OKM decidio trasladar a la zona la 6° Flotilla de Destructores compuesta por el Z-25, Z-28, Z-35, Z-36 y el torpedero T-30 antes de la ofensiva sovietica en Narva. 

La gran actividad desplegada por las fuerzas navales rusas, especialmente durante la ofensiva en la parte del Baltico, obligo el despliegue de nuevos buques en la zona, para ello el Contralmirante Boehmer fue reforzado con los botes torpederos T-8, T-10, la 10° Flotilla de U-Boat y los U-Boat U-481, U-748 y U-1193. En Julio 16, 130 aviones rusos atacaron al buque antiaereo Niobe, hundiendolo. Los U-Boat operando desde Libau, Memel y Danzing, fueron utilizados en operaciones de reconocimiento y ataque a convoyes, incluyendo los hundimientos de dos escoltas por el U-679, un barreminas por el U-1165 y un bote artillero por el U-370. Despues de la evacuacion de Estonia, las islas en el mar Baltico adquirieron gran importancia en la defensa del flanco izquierdo del Grupo de Ejercitos Norte, por ello, en Septiembre 9, fueron transferidos elementos de la 23° Division de Infanteria, 202° Brigada de cañones de asalto, el mando del 1006° Regimiento de Artilleria de Costa, los 289° y 810° Batallones de Artilleria, el 530° Batallon de Artilleria naval y el 239° Batallon de Defensa aerea a Oesel. 

El 5 de Octubre se inicio el asalto ruso sobre Osel con el VIII Cuerpo de Rifle de Estonia, seguido por el CIX Cuerpo de Rifle, realzaindo desembarcos en un amplio frente en la costa entre las localidades de Keksvere y Jaani; los alemanes fueron obligados a retirse hacia Sworbe, los ataques rusos proseguieron en la zona Moon-Osel, quedando la defensa bajo el mando del Coronel Conde zu Eulenburg con el 67° Regimiento de Infanteria, 532° Batallon de Artilleria Naval y elementos del 2/323° Regimiento de Infanteria. El 23 de Noviembre los rusos lanzan su ultimo y definitivo ataque sobre las posiciones alemanas con cuatro divisiones de infanteria y amplio apoyo de tanques, la 64° Division Guardas penetra en el centro del dispositivo de defensa aleman y al mismo tiempo gana terreno en la costa este, a las 11:00 el General Schirmer pide permiso para evacuar, a las 12:05 el General Schoerner autoriza la evacuacion. El 128° Batallon de Ingenieros de desembarco es el ultimo en embarcar, a las 6:15 de Octubre 6, las islas del Baltico estan nuevamente en manos rusas.